با توجه به ويژگيهاي خاص نوجواني ، اين دوران با مشکلات خاص خود نيز مواجه است. برخي از اين مشکلات شيوع بيشتري داشته و گاه نيازمند مداخله کمتري هستند، اما برخي ديگر در حد يک ناسازگاري ، يک بيماري و يا اختلال رواني اجتماعي قابل توجه بوده و نيازمند اقدامات مداخله‌گرانه هستند. فراهم نبودن شرائط تربيتي مناسب ، عدم آشنائي اوليا و مربيان با نيازها و ويژگيهاي نوجوان و کودکي مشکل‌دار علل اساسي بوجود آمدن مشکلات دوران نوجواني هستند.
با توجه به اينکه اين دوره نيز اهميت شايان توجهي در زندگي آينده و بزرگسالي فرد دارد و بسياري از انتخابها و تصميمها در اين دوران انجام مي‌شوند، پيشگيري از بروز مشکلات و درمان آنها به توجه و تاکيد فراواني نياز دارد. شناخت اين مشکلات شايد بعد از شناخت ويژگيها و نيازهاي مرحله نوجواني اولين گام موثر در کمک به نوجوان براي داشتن يک مرحله رشدي سالم مي‌باشد.
مهمترین مشکلات نوجوانی
افت تحصیلی
شاید بیش از همه مراحل دیگر در این مرحله افت تحصیلی مشاهده گردد. مسئولین مدارس راهنمایی تحصیلی و والدینی که فرزندانی در مقاطع راهنمایی دارند که با آغاز بلوغ و نوجوانی و تغییرات آن همراه است، معمولا چنین افتی را گزارش می‌کنند. هرچند شدت و ضعف افت تحصیلی در دانش آموزان مختلف متفاوت است، اما به هر حال و با توجه به فراوانی آن در این دوران نیاز به توجه ویژه دارد.
انحرافات جنسی
با توجه به ویژگیهای بلوغ جنسی در این دوران مشکلاتی از این قبیل می‌تواند اتفاق بیافتد. در بین انواع انحرافات جنسی ، خودارضایی شیوع بیشتری به ویژه در بین پسران داد که با کاربرد روشهای مناسب پیشگیرانه و رعایت آنها و استفاده از راهبردهای لازم (بعد از ابتلا به انحراف) قابل حل خواهد بود.
دوستی با جنس مخالف
به دنبال غلیان هیجانات و عواطف در این دوران از یک طرف و تحولات جنسی از سوی دیگر گرایش به برقراری روابط دوستی با جنس مخالف شیوع فراوانی می‌یابد. ارائه شناخت و آگاهیهای لازم به نوجوان در خصوص کنترل عواطف و هیجانات خود و جهت‌دهی سالم مفید خواهد بود.
انحرافات اجتماعی
با این که در بروز انحرافات اجتماعی عوامل مختلفی دخالت دارند، اما شرائط ویژه دوران نوجوانی مثل تمایل به توجه طلبی و استقلال شخصی ، تمایل به عضویت در گروهها و ... باعث می‌شود که دوره مستعدی برای راه اندازی این انحرافات باشد. این انحرافات به صورت فرار از خانه ، انواع بزهکاری مثل دزدی ، اعتیاد و ... دییده می‌شود که اکثر این انحرافات در گروه اتفاق می‌افتد.
اختلالات روانی در نوجوانی
در نوجوانی مساله بیماری روانی در آسیب شناسی نوجوانی حائز اهمیت زیادی است. مهمترین اختلالات روانی رایج عبارتند از:
1. واکنشهای سازگاری
2. روان رنجوری ، شامل انواع اختلالات خلقی ، مثل افسردگی ، اضطراب
3. اختلالات روان _ فیزیولوژیک ، مثل بی‌اشتهایی روانی
4. اختلالات شخصیت ، مثل اختلال شخصیت هیستریک
5. اختلالات سایکوتیک که اسکیزوفرنی عمومی‌ترین آنهاست.
از میان اختلالات روانی انواع افسردگی و اضطراب فراوانی بیشتری دارد. در صورتی که اطرافیان شناخت کافی از نوجوان داشته باشند و به موقع علائم او را تشخیص دهند، با انواع روان درمانی قابل درمان خواهند بود.
خودکشی
معمولا پدیده خودکشی با سایر مشکلات دیگر مثل افسردگی ، اعتیاد و ... همراه است. در هر حال تمایل به خودکشی در این دوران باید مورد توجه قرار گیرد.
بلوغ زودرس و دیررس
عوامل مختلفی چون عوامل ارثی ، طرح و ساختمان بدنی ، نوع تغذیه و سلامت جهانی ، مسائل فرهنگی از عواملی هستند که در بروز بلوغ زودرس و دیررس دخیل هستند. بلوغ چه به صورت زودرس اتفاق بیافتد و چه با تاخیر همراه باشد، نگرانیها و مشکلاتی را برای نوجوان به همراه خواهد داشت. هرچند عواقب آن هم برای دختر و هم برای پسر وجود دارد، اما بلوغ زودرس اغلب برای دختران و بلوغ دیررس برای پسران مشکل آفرین‌تر است (تاثیر بلوغ در رفتار نوجوانان).
شیوه‌های برخورد با مشکلات دوران نوجوانی
آنچه بیش از همه حائز اهمیت است، توجه والدین و مربیان به شناخت ویژگیها و نیازهای مرحله نوجوانی است. این آشنائی و آگاهی از شیوه‌های برخورد با ویژگیهای این دوره ، در گام از بروز مشکلات خاص این دوره جلوگیری خواهد کرد، یا حداقل شدت آن را تخفیف خواهد داد. در بروز مشکلات و مسائل آنچه مورد بررسی و درمان قرار می‌گیرد، تنها نوجوان و مسائل او نخواهد بود.
هرچند اساس درمان را رفتارها و شرائط نوجوان تشکیل می‌دهد، اما شیوه‌های درمانی عمدتا به صورت گسترده‌تری معطوف به اطرافیان نوجوان ، خانواده و دوستان و در سطح وسیع‌تر و به صورت برنامه‌ریزی‌های کلان جامعه خواهد بود.
آشناسازی خانواده و دیگر دوستان و آشنایان در طرح ریزی برنامه‌ای برای برخورد با نوجوان برای حل مسائل خفیف‌تری چون ناسازگاریهای سطحی در بافت خانواده ، پرخاشگری ، استقلال طلبی شدید ، نوجوئی شدید ، با توجه به شیوه‌های مناسب تربیتی کافی خواهد بود. در حالی که در مورد مشکلات خاص‌تری چون اختلالات روانی این دوران مثل بی‌اشتهایی روانی که با تمایل شدید به کاهش وزن همراه است، از شیوه‌های اختصاصی‌تری چون روان درمانی و ... استفاده می‌شود. در رابطه با مسائل اجتماعی چون بزهکاری ، نهادهای اجتماعی دیگری چون کانونهای اصلاح و تربیت ، مدرسه و ... درگیر هستند.