روز 25 تير 1288 محمدعلي شاه قاجار با ورود به باغ سفارت روسيه در منطقه زرگنده‌، رسماً از روس‌ها تقاضاي پناهندگي سياسي كرد. اين رويداد يك سال پس از به توپ بستن ساختمان مجلس و2 ماه قبل از فرار وي از ايران به وقوع پيوست‌. محمدعلي شاه به اتفاق اعضاي خانواده‌، رجال، شخصيتهاي دولتي طرفدار رژيم استبدادي و 500 قزاق مسلح وارد سفارت روسيه شد. محمدعلي شاه پس از آن كه لياخف روسي فرماندار نظامي تهران نيز از نمايندگان مجلس درخواست تأمين جاني براي خروج از ايران كرد، به سفارت روسيه درخواست پناهندگي داد.
محمدعلي شاه دوماه پس از درخواست پناهندگي و در اوج قيام مردم‌ ـ 18 شهريور 1288 ـ با راهنمايي سفارت روسيه و همراهي 120قزاق ايراني‌، سه سوار هندي‌، سه سوار روسي و نمايندگان سفارتخانه‌هاي روس وانگليس تا مرز روسيه همراهي شد. وي روز هفتم مهر از بندرانزلي راهي بندر ادسا در روسيه و از آنجا رهسپار اروپا شد. طبق توافق‌، قرار شد دولت ايران سالانه يكصدهزار تومان به او و خانواده‌اش پرداخت كند و در عوض او هم املاكش را به دولت واگذار كرده و جواهرات سلطنتي را پس دهد. يك روز پس از خروج محمدعلي شاه از كشور ـ هشتم مهر 1288 ـ مادر وي «ام الخاقان‌» كه دختر ميرزا تقي خان اميركبير بود، درگذشت‌. محمدعلي شاه روز 26 تير 1290 از منطقه «گمش تپه‌» در شمال ايران و به كمك برادرش براي تصرف تهران به حمله نظامي متوسل شد كه اين حمله نيز سركوب شد و عده زيادي از رجال‌، نمايندگان و مقامات طرفدار وي در دولت‌، بازداشت و يا اخراج شدند.
محمدعلي شاه قاجار سرانجام در 16 فروردين 1303در 54 سالگي براثر ديابت در پاريس درگذشت‌. مرگ او15 سال پس از خروج وي از ايران و يك سال قبل از انقراض سلسله قاجار رخ داد‌. در مراسم تشييع پيكر محمدعلي شاه‌، احمدشاه آخرين پادشاه قاجار كه در فرانسه اقامت داشت، همراه با عده زيادي از شاهزادگان و سران كشورهاي اروپايي شركت داشتند.
محمدعلي شاه در 1249 متولد شد، در 28 دي 1285 يك هفته پس از مرگ پدرش ـ مظفرالدين شاه ـ تاجگذاري كرد، در دوم تير 1287 مجلس شوراي ملي را به توپ بست‌، در 26 تير 1288 از سلطنت خلع شد، در 18 شهريور 1288 از ايران گريخت و در 16 فروردين 1303 درگذشت‌. مرگ وي و مرگ پسرش احمدشاه به فاصله 6 سال رخ داد.