عقل عرفي، در سطح معرفت‌شناسى همان عقل فطرى است که در بعد و سطح روش‌شناسي، عقل عرفى ناميده مى‌شود که در سطح معرفت‌شناسي، در کلام و فلسفه و عرفان مى‌توان به‌آن‌پرداخت؛ ولى در بعد روش‌ شناسى در اصول فقه يا فلسفه اعتبارى يا دانش‌هايى مانند آن (فلسفه دانش، فلسفه فلسفه يا فلسفه علم) مى‌توان از آن بحث کرد.
عقل عرفى هدايتگر زندگى انسا‌ن‌هاست و حکمت نيز از آن استخراج مى‌شود، پس مى‌توان گفت که عقل عرفى بعد نرم‌افزارى زندگى انسان‌ها را تشکيل مى‌دهد و زندگى انسان‌ها را حکيمانه مى‌کند و مشروعيت قرارداد‌هاى اجتماعى جوامع را تامين مى‌کند و شرع که با اين قراردادهاى پيش از خود، امضايى عمل مى‌کند، از همين رويه و اعتبار عقل عرفى تبعيت مى‌کند؛ گاهى هم قرارداد شکنى مى‌کند، چون قراردادهاى آنها براساس عقل عرفى و حکيمانه نيست. عقل عرفى در برابر عقل اشرافى است و پيامبران بر آن تاکيد کرده‌اند، به همين دليل پيامبران براى زنده کردن انسان‌ها و حيات‌بخشى به آن مى‌آمده‌اند، چون عقل عرفي، عقل زندگى است و فقط عمل پيامبران ذکر و يادآورى آن عقل زندگى و عرضى بوده است. برعکس مخالفان آنها که عقل آنها، عقل اشرافى بوده است؛ عقلى که براى آنها کفر يا غفلت را به ارمغان مى‌آورد.
عقل اشرافى چون عقل استعلايى و برترى‌جو است، تکبر و خودبزرگ‌بينى در بطن آن قرار دارد، به همين دليل پيروان انبياء را با عبارت “اراذلنا بادى الراي” مى‌خواندند. عقل اشرافي، عقل برترى‌جو است، به همين دليل ابزارى شيطانى است، چون به برترى‌جويى در طول تاريخ دامن زده و جنگ‌هاى بشرى را به وجود آورده است، به همين دليل عقل جنگ‌طلبان عقل اشرافى است و در مقابل عقل صلح صلح‌طلبان عرفي. عقل مترفين و عقل سرمايه‌دارى جهانى نيز اشرافى است که موجب جنگ جهانى اول و دوم گرديد. عقلى که به تحريک شيطان، انسان را از بهشت بيرون راند، همان عقل اشرافى بود. متاسفانه گاهى از اين عقل اشرافى ‌به آگاهى تعبير مى‌شود (در مسيحيت.) اين همان عقلى است که قابيل برترى‌جو را به قتل برادر (هابيل) واداشت.
تاريخ دين را مى‌توان براساس همين تقابل عقل عرفى و اشرافى ترسيم کرد. انبيا عقل عرفى را ترويج مى‌کردند، چون عقل مروج زندگى‌اى بود که از راه توحيد، محورى توليد مى‌کند؛ ولى عقل اشرافى آن را شرک‌گونه مى‌کند که به وسيله بزرگان و مترفين و علماى منحرف دينى رخ مى‌دهد ودين را وسيله برترى‌طلبى خود در جامعه قرار مى‌دهند. به اين ترتيب فساد و بى‌عدالتي، بسيار عظيم و گسترده مى‌شود و پيامبر بعدى که با عقل عرفي، به جنگ عقل اشرافى مى‌رود، به استهزاء، دشنام و تحقير مى‌گيرند و او را به مخالفت باسنت آنها که براساس عقل اشرافى است، متهم مى‌کنند. تحجر دينى نيز از عقل اشرافى به وجود مى‌آ‌يد؛ يعنى زمانى که سنت اشرافى خود را در قالب دين باز توليد مى‌کند و اين کار را با عقل اشرافى خود انجام مى‌دهند، پس دين متحجر مى‌شود و از تطابق زمانى و مکانى باز مى‌ماند و دين به صورتى بدون محتوا تبديل مى‌شود.
به اين ترتيب خود دين تحجرزا مى‌شود، چون بزرگترين معناساز اين سنت اشرافى خود دين است. در اين حالت سنت‌هاى دين از حالت جزئى و زندگى ‌محورى خارج شده، صورت تجملى به خود مى‌گيرد که از نظر روشى به شدت انتزاعى مى‌شود و علوم دينى به علومى تبديل مى‌شوند که به دنبال حل موضوعات نيستند، بلکه خود هدف مى‌شوند و حالت علم براى علم مى‌يابد. قرون وسطى در مسيحيت، به حالت فوق دچار شده بود و کار دانشمندان، حاشيه‌خوانى و حاشيه‌نويسى بوده، به همين دليل از زمان، مکان و تحولات فرهنگى جامعه اروپا به شدت عقب ماند. اين مسئله تا آنجا پيش رفت که يک دانشمند اصول علمى بطلميوس را اصول دينى فرض کرد و مخالفت با آن را ارتداد خواند. و باز موجب شد که در کاتوليسم “سازمان ديني” دين قلمداد شود؛ يعنى دين به سازمان تبديل شد که اين نيز خود موجب تحجر دين مسيحيت به صورتى روزافزون گرديده (در دوره دوم قرون وسطي) اين همه از عقل اشرافى حاکم بر کليسا نشات مى‌گرفت. در همان زمان، عده‌اى کشيش براى آنکه بتوانند کليسا را از اين وضعيت نجات دهند، سعى مى‌کردند با عقل عرفى گرا به يارى آن بروند؛ ولى با آمدن تعاليم تورات و پادشاهان مرعوب کليسا و سپس عقل دکارتى (من فکر مى‌کنم پس هستم)، دوباره در عقل اشرافى دولت‌محور ناپلئونى گرفتار ماندند و با عقل استعلايى روشنفکرى اشرافى کانتى همراه شدند و کشتار اروپا و سپس خاورميانه را در پى داشت.
تفسير علمى و مدرن از دين که روز به روز تفسير مى‌کند هم، از عقل تجربى که خود يک عقل دانشمند تجربى محور است، به وجود مى‌آيد که خود عقل اشرافى ديگرى است اين عقل خود را به انسان‌ها و زندگى آنها تحميل مى‌کند. اين مسئله در قالب عقلانيت ابزارى تجلى يافت و با قانون‌گرايى سخت، استبداد قانونى بر جامعه غربى مسلط گرديد؛ به طورى که اگر کسى خط قرمز جامعه غربى را نقض کند به اشد مجازات محکوم مى‌شود. عقل اشرافى سنت‌گرا و عقل اشرافى تجددگرا هردو “غفلت انسان از زندگى و حيات” خود را رقم زدند؛ اولى به بهانه رشد معنوى و دومى به بهانه پيشرفت مادي. انقلاب اسلامى حامل عقل عرفى بود و براى نجات بشر از عقل اشرافى مدرن آمد؛ ولى خود با دو عقل اشرافى تحجرى (اسلام متحجرين) و عقل اشرافى تجدد (اسلام آمريکايي) رو به رو شد و در حال گذر از اين دو عقل است . اگر با موفقيت‌ بگذرد، مى‌تواند نويدبخش عقل عرفى باشد که زندگى و حيات را به انسا‌ن‌ها برگرداند. دانشگاه‌هاى ايران، باتجددزدگى تاريخي، عدم بومى شدن و عدم حرفه‌اى شدن خود، از بزرگترين موانع عقل عرفى حاکم بر انقلاب اسلامى است و دانشگاه را در مقابل جامعه تحليل مى‌کند. از طرف ديگر حرکت‌هاى عقل اشرافى تجددي، آنها را به طرف مشکلات سرطاني، چون قصه ISI پيش مى‌برد و در جهت عکس خدمتگزارى جامعه هدايت مى‌کند.
حوزه‌هاى علميه نيز بايد با رجوع به تاريخ روش‌شناسى پويايى خود پيش از مشروطه (زمان شيخ انصارى که استاد مطهرى به اين نکته سخت توجه داشت) دست يازند. بخصوص روش‌هايى که با زمان و مکان تطابق يابد، به همين دليل، بحث‌هاى روش‌شناسى براى حوزه‌هاى امروز، باتوجه به علوم انسانى ضرورى است چون هم مى‌تواند به بازسازى روش‌هاى خود دست يازد و هم جايگاه خود را در جهان امروز مشخص کند. بيهودگى بشر و خونريزى‌هاى بيکران عقل اشرافى مدرن که امروزه تحت عنوان عقل جهاني، ايدئولوژى جهانى شدن را مى‌پراکند، جهان را در تاريکى بسيار عظيمى فرو مى‌برد. انسان امروز دچار سرگشتگى شده که در تاريخ او سابقه نداشته است. اگر عقل عرفى که عقل ميان فرهنگى است، بتواند به ميدان بيايد و انسان‌ها را آرامش دهد، مى‌تواند جهان امروز را از اين وضعيت نجات دهد. در اين صورت اين عقل عرفي، عقل منجى خواهد بود که هدايت فقهى و عرفانى شيعه را تشکيل مى‌دهد. استخراج اين عقل وظيفه ضرورى امروز حوزه‌ها و دانشگاه‌ها باهم است که اساس و بنياد سياستگذارى علوم انسانى را در کشور ما تشکيل مى‌دهد.