مشكل اصلى فرضيه‏ى تكامل در معرفت‏هاى دينى، ظاهر ناسازگارى آن با برهان نظم است؛ در حالى كه با اندك تأملى اين ظاهر ناسازگار قابل حل است، چرا كه همين پذيرش تكامل و تحول تكاملى موجودات از يك نظم فوق‏العاده برخوردار است و به همين دليل دلالت بر وجود يك ناظم مى‏كند.
اما سؤال مطرح در اين جا، بررسى صحت و سقم خود اين نظريه است. از نظر علمى، بايد گفت كه اظهار نظر در اين زمينه وظيفه‏ى زيست شناسان است، نه كتاب حاضر و نه معلم دينى. فقط از باب اطلاع مى‏توان خاطر نشان كرد كه اين فرضيه از نظر زيست شناسان نيز كاستى‏هاى فراوان دارد )براى گزارش از اين نقاط ضعف، ر. ك: على اصغر دارايى »ترانسفوريسم« در فصل نامه‏ى رشد آموزش معارف اسلامى، ش 54، پاييز 1383. با اين حال، در علوم تجربى روال اين است كه تا وقتى تبيين بهترى پيدا نشده كه بتواند هم مسائل قبلى را حل كند و هم مشكلات فرضيه‏ى قبلى را نداشته باشد، تبيين قبلى على رغم نقص‏هايش بر جاى خود باقى مى‏ماند و مورد استفاده‏ى دانشمندان قرار مى‏گيرد. اما از نظر دينى، اختلاف نظر در اين باره بسيار گسترده است. برخى همچون دكتر نصر )سيد حسين نصر، معرفت و معنويت، صص 472 - 456. معتقدند كه اين نظريه جدا با معارف دينى ناسازگار است، برخى همچون دكتر سحابى )يدالله سحابى، خلقت انسان. تهران: شركت سهامى‏انتشار، 1351. بر اين باورند كه اين نظريه با باورهاى دينى ناسازگار نيست، بلكه در متون دينى دلالت‏هايى هم بر آن يافت مى‏شود. )براى گزارشى از آراى مختلف در اين باب، درك: احد فرامرز قراملكى. موضوع علم و دين در خلقت انسان. .
اما به نظر مى‏رسد قابل دفاع‏ترين ديدگاه، ديدگاه شهيد مطهرى )براى تفضيل ديدگاه شهيد مطهرى در اين باب، ر.ك، مرتضى مطهرى، توحيد؛ و نيز مقالات فلسفى، ج 1، مقاله توحيد و تكامل، صص 83 - 61. است. ايشان معتقد است كه نظريه‏ى تكامل نفيا و اثباتا، در دين جايگاهى ندارد. يعنى دين درباره‏ى اين كه آيا موجودات به تدريج و از همديگر به وجود آمده‏اند يا اين كه هر نوعى جداگانه ايجاد شده است، سخنى نگفته است. در باب انسان نيز، گرچه گفته است: »انسان را از خاك آفريديم«، اما اولا اين سخن لزوما دلالت ندارد بر اين كه انسان فاصله‏ى از خاك تا آدم شدن را يك دفعه طى كرده باشد، بلكه ممكن است همان سير تكاملى مطرح باشد، چرا كه با پذيرش سير تكاملى براى انسان، باز منشأ نهايى انسان خاك خواهد بود. ثانيا آنچه انسان را انسان مى‏كند، نه ابعاد جسمانى او، بلكه نفخه‏ى الهى است كه در او دميده شده است. از طرف ديگر، از جانب خدا هم بعيد نيست كه انسان به صورت معجزه، يك دفعه از خاك آفريده شده باشد، همان طور كه عصاى حضرت موسى )ع( يك دفعه از چوب خشك به اژدهاى جان دار تبديل شد. بررسى معجزات نيز كار علوم تجربى نيست، زيرا علوم تجربى با روش‏هاى متعارف در محدوده‏ى محسوسات سر و كار دارند، لذا پذيرش نظريه تكامل، نه لزوما تأييدى بر معارف دين است و نه ردى بر آن‏ها. خوب است در همين جا متذكر اين خطر مهم شويم كه بسيارى از افراد مايلند، براى هر فرضيه‏اى كه در غرب مطرح مى‏شود، خيلى زود از دل دين، تأييدهايى بيابند، در حالى كه در بيش‏تر موارد، ضرر اين اقدام بيش از فايده‏ى آن است. زيرا چه بسا آن فرضيه مدتى بعد رد شود و اگر ما به اشتباه آن را به دين گره زده باشيم، به دين دارى مؤمنان لطمه خواهد زد.