هيچ يك از مراجع تقليد هرگز در طول تاريخ با كسي كه علناً مخالف و دشمن دين باشد موافق و سازگاري نداشته‌اند، خصوصاً در تاريخ معاصر چنين چيزي اتفاق نيفتاده است كه احدي از مراجع شيعه با سلاطين جور عصر خاصي مانند پهلوي موافق بوده باشند.
البته مخالفت علني با دين اسلام و علماي اسلام و توهين به دين در دورة پهلوي دوم بعد از رحلت مرجع عاليقدر شيعه حضرت آيت الله العظمي بروجردي آغاز شد وگرنه در دورة حيات آن مرجع عاليقدر شيعه، محمدرضا پهلوي جرأت توهين آشكار به دين را نداشت، بعد از رحلت آن مرجع عظيم‌الشأن اهانتهاي دربار پهلوي و طرفداران او آغاز شد (رحلت ايشان در سال 1340 بود)[1]كه با هشياري و بيداري حضرت امام خميني(ره) نقش مرجعيت ديني ايفا شد و مقاومت و افشاگري در مقابل توطئه‌هاي داخلي و خارجي عليه استقلال كشور و فرهنگ اسلام آغاز گرديد و بعد از پيدايش آن مرجع عظيم‌الشأن اكثر مراجع تقليد در سراسر ايران و حوزه‌هاي ديرپاي ايران مانند حوزه قم، مشهد، اصفهان، تبريز و... به زعامت علماي بزرگ از حضرت امام خميني حمايت نموده و مردم را در برابر اين توطئه‌ها آگاه نمودند. مراجع تقليد نجف نيز با صدور بيانيه‌ و اطلاعيه‌هاي حمايت‌گرانه در برابر اين توطئه‌ها ايستادگي و روشنگري نموده و حمايت‌هاي بسيار پرشور از امام خميني(ره) نمودند. امام در آغازين راه مبارزه خود كتاب كشف‌الاسرار را مي‌نويسد و بذرهاي حكومت اسلامي را در جامعه اسلامي مي‌پاشد و از آگاهي كاملي كه از جريانات استعماري و استبدادي در ايران داشت تئوري جهاد مسلحانه عليه ظلم و استبداد و دفاع از استقلال را در اين كتاب نگاشته و به گوش تمام نخبگان مي‌رساند[2] مبارزه‌ي جدي امام و مخالفتشان با حمايت قاطبه‌ي علماي اسلام و مراجع بزرگ با قانون انجمن‌هاي ايالتي و ولايتي شكل تازه گرفت و آيات عظام امام خميني، شريعتمداري و گلپايگاني در منزل مرحوم آيت الله حائري مؤسس حوزه تشكيل شد و تصميم گرفته شد كه به شاه در اين طي تلگرافي اعتراض و خواستار لغو آن شده و به علماي شهرستانها نيز اعلام خطر نموده و هر هفته جلساتي براي حفظ وحدت نظر در مبارزه تشكيل شود. و همچنين آيات عظام نجفي مرعشي و گلپايگاني و شريعتمداري مكرراً طي تلگرافي از دولت علم خواستار لغو اين قانون شدند و در راستاي همين هدف مراجع بزرگ تقليد نجف آيات عظام خوئي، حكيم و بهبهاني...[3] طي تلگرافي از خواسته مراجع ايران حمايت نموده با توجه به اسناد و مدارك معتبر تاريخي اكثر مراجع بزرگ و معروف حوزه‌هاي قم و نجف در تمام مراحل انقلاب از امام خميني و نهضت بيدارگر او حمايت نمودند.
در جريان حادثه هجوم به مدرسه فيضيه و حبس امام و وقايع پانزده خرداد تمام مراجع از جمله مرحوم آيت الله گلپايگاني و نجفي مرعشي حمايتهاي بي‌دريغ از نهضت امام و شخص امام خميني و مرحوم قمي و محلاتي كه در حبس بودند انجام دادند كه در صفحات اسناد تاريخي موجود است.[4] پس اين حوادث خونين كه تمام طبقات مردم بر عليه رژيم ستمشاهي بسيج مي‌شدند با حمايتهاي مراجع قم و نجف اين بسيج عمومي گرمتر و جدي‌تر مي‌شد، در جريان قانون كاپيتولاسيون نيز امام خميني با مقاومت سرسختانه در برابر استبداد و استعمار با حمايت يكدست مراجع نهضت را رهبري كرد. بنابراين در طول آغاز انقلاب اسلامي به رهبري امام خميني از سال 41 تا پيروزي انقلاب علماي بزرگ كه در حدّ مرجعيت شيعه و داراي جايگاه عظيم مرجعيت در بين مردم و معروف بودند. هيچ يك مخالفت با امام خميني و نهضت او نداشتند، و همگي مخالف حكومت استبدادي شاه بودند، حضرات آيات شاهرودي، ميلاني، سيد عبدالله شيرازي و تمام مراجع تقليد و مدرسين حوزه‌هاي قم و نجف با اعمال وحشيانه شاه مخالفت نموده و با دادن اعلاميه مخالفت و نفرت خويش را به مردم ابلاغ مي‌كردند.[5] براي مطالعه بيشتر مي‌توانيد به كتاب اسناد انقلاب اسلامي، جلد اول كه حاوي اسناد معتبر حمايت علما و مراجع قم و نجف از نهضت امام خميني و مخالفت با شاه است مراجعه كنيد.
امام زمان(عج): اما در حوادث واقعه رجوع كنيد به راويان حديث ما (فقها و مجتهدين) كه آنان حجت من بر شما و من حجت خدا بر آنان.
كتاب غيبت شيخ طوسي

--------------------------------------------------------------------------------
[1] . مدني، سيدجلال‌الدين، تاريخ سياسي معاصر، چاپ سوم، قم، جامعه مدرسين، 1360، ج 1، ص 609.
[2] . همان، ص 617، و كشف الاسرار امام خميني، چاپ قديم، صفحات 223 و 224.
[3] . همان، ج 1، ص 42-624.
[4] . همان، ج 2، ص 55 و 73.
[5] . مركز اسناد انقلاب اسلامي، اسناد انقلاب اسلامي، چاپ اول، تهران، سازمان تبليغات، 1369، ج 1، ص 63. و علي دواني، نهضت روحانيون ايران، تهران، بنياد فرهنگي امام رضا ـ عليه السّلام ـ ج 7، ص 192-111. و ص 206 و ص 25