در HL 2 بار دیگر شما نقش Gordon Freeman را که یک فیزیکدان نظری و کماندوی فرا بعدی است ایفا می کنید.او همان کسی است که در پایان HL دنیا را از هجوم دشمنان و بیگانگان نجات داد. HL 2 از آن جایی شروع می شود که شما در مقابل G-Man منفور (همان شخصیت مرموز در لباس آبی نسخه اول) قرار می گیرید. در پایان نسخه یک G-Man به شما حق انتخاب می دهد که یا در خدمت او باشید و یا مرگ را انتخاب کنید.